Variants of variants seen in Brazil ravaged by COVID


March 24, 2021 – The uncontrolled spread of the most contagious coronavirus variants in Brazil appear to have created even more dangerous versions of the virus that causes COVID-19.

A team of researchers from Fiocruz, a large public health research laboratory run by the Brazilian Ministry of Health, documented the changes. Their findings were recently published in a pre-print sure Virological.org, before peer review.

The study describes 11 coronavirus sequences from five Brazilian states. Each had telltale changes in the virus receptor, making it one of the known variants. But each also had additional changes in another important region of the virus known as the N-terminal domain (NTD).

The changes were deletions of important antibody binding sites. Many of these were key deletions of a mutation which appeared independently in other circulating variants and which was observed in viral mutations in recovering cancer patients, suggesting that it confers a significant benefit. to the virus.

Since the beginning of the pandemic, scientists expected the virus to mutate or change. Viruses can also lose or gain parts of their genetic code. Molecular biology has a term for this: Indel, which means insertion or deletion. Learn more about the coronavirus variants here.

These insertions or deletions are a more abrupt change than a point mutation. When they occur in the peak protein of the virus, they can change the shape of the coronavirus, allowing it to escape the grip of the “lock and key” antibodies that adapt to these binding sites.

“Many antibodies are generated for this MTN region. So these mutations are very likely to make the virus even more resistant to neutralization,” study author Felipe Naveca, MD, vice president of the study, told Medscape. research and innovation at Fiocruz Amazonia. .

Modeling by Naveca and his team suggests that the deletions will limit the ability of antibodies to catch these viruses and prevent them from infecting us.

Naveca also says, however, that these variants with indels are still rare. They were observed early and scientists believe they are not yet widespread.

“But the detection serves as a warning and we need to watch for their occurrence. This is why genomic monitoring is being done,” the researcher said.

Need to “Stop replication”

Brazil is in the midst of another devastating wave of COVID-19 infections, fueled by variants and political inaction. Hospitals are running out of beds and other essential supplies, such as fans and oxygen, and Brazilian President Jair Bolsonaro has backed down from asking citizens to wear masks and refuses to implement lockdowns, saying the price to the country’s economy would be too high.

Researchers who were not involved in the study said the findings should put the rest of the world on alert.

John Mellors, MD, chief of infectious diseases at the University of Pittsburgh School of Medicine, said the discovery was “not surprising, but worrying.”

Mellors and his colleagues were part of a team of researchers who documented one of the same changes in a cancer patient who battled the virus for more than 2 months.

Au fil du temps, le séquençage du génome a révélé que le patient, qui était traité en convalescence plasma et le médicament antiviral remdesivir pour essayer de renforcer sa réponse immunitaire, était l’hôte d’au moins six variantes différentes du SRAS-CoV-2. Les variantes présentaient de nombreuses mutations portées par les variantes apparues au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil.

Les suppressions de domaine N-terminal documentées dans la nouvelle pré-impression ont également été détectées dans d’autres parties du monde.

UNE étude séparée, publié plus tôt ce mois-ci dans le journal Science, ont constaté que d’autres délétions entravent également les anticorps. En réponse à une infection ou à un vaccin, nos corps forment tout un orchestre d’anticorps en forme de y qui sont chacun conçus pour s’accrocher à un virus à des endroits légèrement différents. Donc, perdre l’un de ces sites d’ancrage d’anticorps sur le virus, en lui-même, n’est pas nécessairement alarmant. Mais plus la forme du coronavirus change et change, plus nos défenses immunitaires perdent leur punch collectif, et finalement les changements permettent au virus de provoquer une réinfection ou de vaincre la protection créée par un vaccin.

D’autres chercheurs qui n’étaient pas impliqués dans l’étude ont déclaré que si les résultats étaient intéressants et méritaient d’être surveillés, il était encore trop tôt pour savoir avec certitude ce que cette combinaison particulière de mutations pouvait signifier.

«Je suis sûr qu’il y aura un document de suivi qui les profilera à mort et comme, vous savez, expliquera quels sont les effets exacts de chacun d’entre eux, et je suis sûr que c’est probablement juste au coin de la rue, »A déclaré Pavitra Roychoudhury, PhD, instructeur au Département de médecine de laboratoire de l’Université de Washington à Seattle.

À l’heure actuelle, selon le CDC, qui suit les variantes, il n’y a pas de variantes de virus qui provoquent l’échec complet des tests, des vaccins ou des traitements.

«La plus grande initiative que nous devons tous faire est de vacciner aussi loin que possible pour empêcher le virus de se répliquer», a déclaré Mellors. “Pas de réplication, pas d’évolution. Donc, si nous arrêtons la réplication et la propagation, nous serons d’accord, et c’est une énorme, énorme entreprise à travers le monde pour l’arrêter.”

Absence de mesures de santé publique

Les variables qui influencent le plus l’évolution du virus sont le nombre de personnes infectées et le temps qu’elles passent infectées. Les scientifiques conviennent que, pour ralentir l’évolution du virus, il est essentiel de vacciner rapidement et d’empêcher les gens de circuler, ce qui ne se produit actuellement pas au Brésil.

“C’est très important pour garantir l’efficacité des vaccins à l’avenir. Ils n’ont pas été conçus pour faire face à cette quantité de mutations”, a déclaré l’auteur de l’étude Tiago Gräf, qui travaille également avec Fiocruz.

“Nous défendons l’utilisation des vaccins, et nous pensons qu’ils continueront à protéger contre les maladies graves. Mais le virus devient si différent de l’original que de nouveaux tests seront nécessaires pour comprendre leur efficacité”, dit Graf.

“Nous montrons que de nouvelles variantes sont apparues et leur danger. Mais l’administration publique ignore nos avertissements. La situation que nous voyons aujourd’hui en est le résultat”, dit Graf.

Actualités WebMD Santé

Sources

John Mellors, MD, chef des maladies infectieuses, à la faculté de médecine de l’Université de Pittsburgh

Pavitra Roychoudhury, PhD, instructeur, Département de médecine de laboratoire, Université de Washington à Seattle

Virological.org. Publié le 18 mars 2021.


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